El análisis de ORF5 y de secuencias genómicas completas de aislados del virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRSV) de los tipos 1 y 2 obtenidos por todo el mundo aporta datos que respaldan la teoría de que la recombinación es un fenómeno habitual y puede producir aislados en mosaico.
Actualmente se identifica la recombinación como uno de los factores que influyen en la gran diversidad genética existente, pero todavía se desconoce la frecuencia con que se producen los episodios de recombinación y cuáles son los segmentos del genoma que intervienen en ellos.
Investigadores del CReSA y de otras instituciones colaboradoras realizaron un estudio centrado inicialmente en la detección de aislados de PRRSV mediante el examen de grupos de secuencias de la ORF5 (genotipos 1 y 2) obtenidos en todo el mundo y publicados previamente. Luego, examinaron secuencias genómicas completas con el fin de determinar los posibles puntos de recombinación a lo largo del genoma vírico. Para la ORF5 se analizaron por separado 11 conjuntos de secuencias del genotipo 1, provenientes de distintas áreas geográficas entre las cuales dos asiáticas, una americana, y siete europeas, y 3 conjuntos de secuencias del genotipo 2 provenientes de China, México y EUA.
Se detectaron posibles puntos de recombinación en 10 de los 11 conjuntos del genotipo 1. En nueve casos, la agrupación de al menos un aislado fue distinta antes y después del punto de recombinación. En el genotipo 2, se observaron posibles puntos de recombinación y agrupaciones distintas de cepas en 2 de 3 grupos de secuencias. Los resultados indicaron que la mayoría de los grupos de secuencias contenía al menos una secuencia recombinante. Cuando se examinaron secuencias genómicas completas, tanto los conjuntos de secuencias del genotipo 1 como los del genotipo 2 presentaban puntos de recombinación (10 y 9 respectivamente) lo que producía topologías significativamente diferentes antes y después del punto de recombinación. Se detectaron genomas en mosaico en secuencias del genotipo 1.
Estos resultados podrían tener implicaciones importantes en la epidemiología molecular del PRRSV.
